古びた書店の奥、埃まみれの古書の中から、翔太たちは特定の伝説を発見した。それは、数世紀前の名工・蓮太郎という職人が作った「時間の扉」という時計に関するものだった。伝説によれば、この時計は持ち主の願いを叶えることができるとされていた。しかし、その力は強大であり、誤った使い方をすると、持ち主を時間の渦に巻き込んでしまうという。
翔太たちは、この伝説が自分たちが体験している出来事と一致することに気付く。真紀は書物を手に取り、「これだ、これが私たちが探していた答えだ！」と叫んだ。
彼らはさらに調査を深め、蓮太郎がこの時計を作った背景を知ることとなる。蓮太郎は、失われた恋人を取り戻すために、時間を操る力を持ったこの時計を作った。しかし、彼自身も時計の力によって時間の渦に巻き込まれ、現代には彼の存在が伝わっていないという。
また、翔太たちは時計の正しい使い方についての情報も手に入れることができた。それによれば、時計を操作する際には、持ち主の心が純粋であること、そして願いが他者に害を及ぼさないことが大切だという。この情報を手に入れたことで、翔太たちは時間の渦から脱出する手がかりを得ることができた。
しかし、彼らの調査はここで終わらなかった。彼らは秘密の結社の存在を知り、この結社が時計の秘密を守るために、時計を持つ者たちを追い詰めていることを知る。翔太たちは、結社との戦いを避けることはできないと覚悟する。
彼らの冒険は、この時計の秘密を中心に、さらに複雑なものとなっていくのだった。