そんなある日、ジョンはある古い手稿を見つける。それは、秘密結社の創立者が記したとされる文書で、結社の目的や力の源となる秘密が記されていた。それによると、秘密結社は古代の知識を独占し、その力を使って世界を支配しようとしていた。また、その力の源は、図書館に眠るある古文書に封じられているという。
ジョンは、その古文書こそが被害者が手にしていた本であることに気づく。彼は、その本を再び手に入れるために図書館に戻るが、そこで彼を待ち構えていたのは、秘密結社の構成員たちだった。
彼らはジョンに詰め寄り、「お前は知りすぎた。これ以上調べるな」と脅迫する。しかし、ジョンは屈せず、彼らに立ち向かう決意を固める。そして、彼は秘密結社の構成員たちが次に狙うであろう人物を守るため、彼らの計画を阻止しようと奮闘する。
やがて、ジョンは秘密結社の幹部たちの正体をつかむ手がかりを得る。それは、図書館の管理者であるエリザベス・ウィルソンと、歴史学部の教授であるヘンリー・スミスであった。彼らは図書館内で古文書を利用し、秘密結社の目的に沿った陰謀を進めていた。
ジョンは彼らの行動を密かに監視し、秘密結社の計画を解き明かしていく。その過程で彼は、結社が図書館に保管されている古文書の力を利用し、世界の権力者たちを操ることを目論んでいることを突き止める。さらに、結社が次に狙うであろう人物は、国際的な政治家であることが判明する。彼はその人物を守るため、結社の計画を阻止しようと奮闘する。
そんな中、ジョン自身も秘密結社に狙われるようになる。彼のアパートに盗聴器が仕掛けられ、彼が出かける先々で結社の構成員たちが姿を現す。彼らはジョンを脅迫し、捜査を止めるように迫る。しかし、ジョンは恐れず、彼らに立ち向かう決意を固める。
ジョンは勇敢さと知性を武器に、エリザベスとヘンリーの企みを次々と破っていく。そして、ついに彼らが企んでいた国際的な政治家暗殺計画を阻止することに成功する。その結果、彼は図書館の暗黒の歴史を明るみに出し、秘密結社の陰謀を打ち破ることに成功する。だが、彼自身も命の危機に瀕したこともあった。彼のアパートが爆破される事件が発生するが、彼は危機一髪で難を逃れる。
